1、有机污染：养殖场粪污中所含有的有机物进入水体会被水中微生物降解，为微生物提供营养，因大量孽生耗尽水中溶氧，水中的有机物降解转为厌氧腐解，使水变黑变臭。
2、微生物污染：主要是养殖场粪污中还有大量的病原微生物随粪进水体后，以水为媒介进行传播和扩散。
3、有毒有害物污染：主要指饲料中的抗生素、违禁药物、矿物质及养殖场用消毒剂随粪污排入人体后对其造成的污染。
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